学校现已构建层次清晰、特色鲜明的科研平台矩阵，拥有中国商业联合会中医药农业科学重点实验室1个、中医药农业生物基因组学湖南省重点实验室等省级重点实验室6个，同步布局长沙市技术创新中心、长沙市中医药发展研究基地等一批市级科研平台。
学科建设稳步突破，实施“重点引领、特色发展”战略，现有省级重点建设学科1个、省级应用特色学科3个、校级重点学科10个。临床医学学科2024年、药理学与毒理学学科2025年先后跻身ESI全球排名前1%，学校成为全省唯一拥有2个ESI前1%学科的民办高校；规划“十五五”初期推进计算机科学、生物学与生物化学、免疫学、化学进入ESI前1%，中期力争1~2个学科迈入ESI全球前1‰行列。
科研创新产出成果丰硕，近年来教师累计主持国家自然科学基金项目20项、湖南省自然科学基金项目107项，其他省部级科研项目约300项；先后斩获湖南省自然科学奖、日内瓦国际发明奖金奖、中国商业联合会科技进步奖一等奖等多项重量级荣誉。累计发表 SCI 论文1600余篇，其中影响因子10分以上高水平论文50余篇；累计获授权国家专利及软件著作权900余项，含发明专利18项。
学校教学科研仪器设备总价值约2.5亿元，建成各类实验室580间。2026年末将新增5000万元专项经费用于实验室升级，完成中医虚拟仿真实验室、 中医药科技馆、公卫虚拟仿真实验室、口腔头模实验室等项目建设，配套搭建临床、基础、影像、护理、中医多方向虚拟仿真实验实训中心，为师生提供全流程高仿真实训环境。
长沙医学院临床医学、药理学与毒理学学科进入ESI全球前1%
